Mariano Cherubini si é laureato presso l'Università di Padova, frequentando le lezioni di Patologia e Clinica Chirurgica del Prof. P.G.Cevese, e si è poi specializzato in Chirurgia e in Urologia presso le Università di Parma e Padova. Vincitore dapprima di un concorso nazionale per assistente ed aiuto della Clinica Chirurgica dell'Università di Trieste, è poi divenuto professore universitario presso l'Università di Trieste, sempre a seguito di concorso nazionale, dapprima in Chirurgia Geriatrica, poi in Semeiotica e Metodologia Chirurgica. Presso lo stesso ateneo triestino è stato in seguito docente di Chirurgia Sperimentale, Fisiopatologia Chirurgica, Chirurgia Geriatrica e di Semeiotica e Metodologia Chirurgica ed ha collaborato alle lezioni di Chirurgia elaborando numerose tesi di laurea e specializzazione, in uno spirito interdisciplinare. E' inoltre stato nominato Docente presso numerose Scuole di Specializzazioni in Chirurgia.

Ha svolto attività assistenziali presso la Clinica Chirurgica dell'Università di Trieste, prima con il Prof. G.F.Monti, poi con il Prof. Aldo Leggeri e successivamente con il Prof. G.Liguori, anche come membro del Dipartimento di Scienze Chirurgiche, ed ha raggiunto l'idoneità Primariale in Chirurgia a Roma, a seguito di concorso nazionale.

Ha sviluppato un'organizzazione deospedalizzante, rivolta alla diagnosi precoce dei tumori, all'attività operatoria in Day Surgery ed al follow-up del paziente chirurgico. In quest'ambito, uno dei suoi ultimi lavori, esposto ad Amsterdam nel 2007, é stato raccolto nel tema congressuale "New Developments in Surgery". E' membro di Società  nazionali ed internazionali  di chirurgia, tra le quali l’ISDE, ove si occupa di carcinogeni ambientali e dei loro effetti, ed il CIPUR Medicina, ove si occupa dei problemi organizzativi riferiti alle strutture sanitarie.

E' autore di oltre 240 pubblicazioni, alcune facenti parte di volumi di Chirurgia. Un terzo delle pubblicazioni sono state svolte in lingua inglese in Italia o all'estero, selezionate da Board editoriali o congressuali internazionali.

Ha raggiunto la quiescenza nel 2008, continuando attivamente l'impegno di ricerca in ambito chirurgico.